Pelabuhan-pelabuhan yang diserahkan adalah Pelabuhan Parigi Raya, Pelabuhan Pulau Kijang dan Pelabuhan Kuala Mandah di Kabupaten Indragiri Hilir. Pelabuhan Way Seputih di Kabupaten Lampung Tengah. Pelabuhan Tanglok dan Pelabuhan Batioh di Kabupaten Sampang. Pelabuhan Eretan dan Pelabuhan Kalimenir di Kabupaten Indramayu. Pelabuhan Midai di Kabupaten Natuna dan Pelabuhan Moutong di Kabupaten Perigi Moutong.

Dengan dilatarbelakangi semangat otonomi daerah seperti yang diamanatkan dalam UU No. 22 Tahun 1999, Pemerintah Daerah kemudian diberikan peran dalam penyelenggaraan pelabuhan sebagaimana yang telah diakomodasikan dalam Peraturan Pemerintah nomor PP. 69 Tahun 2001. Pemerintah Daerah diberikan kewenangan yang luas, nyata dan bertanggung jawab agar dapat mengatur dan melaksanakan kewenangannya atas prakarsa sendiri sesuai dengan kepentingan masyarakat dan potensi setiap daerah termasuk di dalamnya pelabuhan. Penyelenggaraan kepelabuhanan nasional yang tadinya terpusat (sentralistik) menjadi desentralistik yang berorientasi pada pencapaian tingkat efektifitas dan efisiensi yang tinggi untuk mewujudkan keunggulan komparatif dalam rangka mengikuti persaingan global.

Pelabuhan sebagai salah satu unsur dalam penyelenggaraan pelayaran, pelayanan jasa kepelabuhanan, pelaksanaan kegiatan pemerintahan dan kegiatan ekonomi telah ditata dalam satu kesatuan tatanan kepelabuhanan nasional. Berdasarkan hierarki peran dan fungsinya dalam TKN, terdapat 321 pelabuhan lokal di seluruh Indonesia. Sampai dengan saat ini ada 45 Pemerintah Daerah yang telah mengajukan permintaan untuk mengelola 145 Pelabuhan Lokal. Namun baru 6 (enam) Kabupaten atau sebanyak 10 pelabuhan yang dapat ditindaklanjuti untuk diserahterimakan.

Penyerahan pengelolaan pelabuhan lokal kepada Pemerintah Daerah Kabupaten seperti yang dilakukan sekarang ini hanya merupakan serah terima yang sifatnya operasional karena untuk penyerahan personal, peralatan, pembiayaan dan dokumen yang dikenal dengan istilah P3D secara simultan sedang diproses penyelesaian administrasinya bersama instansi/departemen terkait.

Sedangkan untuk fungsi keselamatan pelayaran secara institusional tidak dapat diserahkan kepada Pemerintah Daerah. Hal ini dikarenakan fungsi keselamatan merupakan mandatory dari Internasional Maritime Organization (IMO) yang harus dilaksanakan oleh pemerintah pusat dalam hal ini Direktorat Jenderal Perhubungan Laut.