Kerja sama bidang transportasi RI-Belanda selama ini dilakukan pada sektor Perhubungan Darat, Perhubungan Laut, Perhubungan Udara serta Pendidikan dan Pelatihan. Kerjasama di bidang Perhubungan Darat antara lain: Alih teknologi dan pengadaan 25 set KRL tahap II, Bantuan teknik alih teknologi tahap II, Proyek persinyalan KA Lintas Cikampek-Padalarang (ALSTOM Signaling BV Netherland), dan Pelaksanaan Studi Keselamatan Perlintasan Kereta Api.
Untuk kerjasama di bidang Perhubungan Laut kerjasama yang pernah dilakukan antara lain: Pengangkutan muatan antara Indonesia-Belanda menggunakan kapal-kapal Belanda, Kerjasama Studi Alur Pelayaran Banjarmasin, Kerjasama Studi Alur Surabaya, Studi Potensi Ekonomi dan Pengembangan Desain Pelabuhan baru Arar sebagai perpanjangan Pelabuhan Sorong serta Penyiapan Rencana Kebutuhan pada Rehabilitasi dan Rekonstruksi Pelabuhan Malahayati.
Pada bidang Perhubungan Udara kerjasama RI-Belanda antara lain: Persetujuan hubungan udara RI-Belanda sebagai dasar bagi pertukaran hak-hak angkutan udara, Perubahan Annex dari Perjanjian Hubungan Udara dalam hal Route Schedule, Konsultasi hubungan udara, Pemberian hak angkut kelima oleh Indonesia dari/ke Singapura, Surabaya, dan Denpasar kepada Belanda melalui kerjasama komersial dengan perusahaan penerbangan nasional Indonesia serta Rencana kerja sama Code Share antara Garuda Indonesia dengan KLM.
Pada bidang Pendidikan dan Pelatihan dilakukan kerjasama antara lain: Penjajagan ke Institut Kepolisian Lalu Lintas (PIVM) di Apeldorm-Belanda atas permintaan Kepala Badan Diklat Perhubungan, Pelatihan untuk Petugas Polisi Lalu Lintas RI di Belanda, Penandatanganan MOU antara Badan Diklat dengan Shipping and Transport College and International Maritime Transport Academy (STC/IMTA), Bantuan Pemerintah Belanda dalam kegiatan Quality System Check List terhadap seluruh lembaga pendidikan kepelautan di Indonesia, Bantuan hibah dengan membangun 5 atau 6 pusat pelatihan STCW’95 untuk management level, Bantuan Pemerintah Belanda untuk mencarikan sponsor scholarship bagi 20 orang staf pengajar Nautika untuk program TOT di Belanda, serta Pelaksanaan Diklat Quality Standar System (QSS) di IMTA/STC Rotterdam dengan peserta Diklat dari Dephub, Depdiknas, Depnaker dan organisasi/lembaga Maritim Swasta Nasional dengan biaya hibah Pemerintah Belanda. (SWI)