Bentuk awal Kementerian Perhubungan yang saat itu bernama Departemen Perhubungan yang lahir dalam kancah perjuangan adalah gabungan antara Departemen Perhubungan dan Departemen Pekerjaan Umum, yang dipimpin oleh seorang Menteri Abikusno Tjokrosuyoso. Namun hal ini tidak berlangsung lama, karena Departemen Perhubungan dan Departemen Pekerjaan Umum tidak lagi dijabat oleh orang yang sama yang merangkap tugas seperti sebeumnya. Urusan perhubungan dan pekerjaan umum kemudian berada di bawah dua pejabat yang berbeda yaitu Kementerian Perhubungan dipimpin oleh Ir. Abdulkarim dan Kementerian Pekerjaan Umum di bawah pimpinan Ir. Putuhena. Sesuai dengan nama yang disandangnya, Departemen Perhubungan mengurusi masalah perhubungan. Keinginan Belanda untuk berkuasa kembali di Indonesia sangat jelas terlihat ketika mereka melancarkan agresi militernya yang kedua pada tanggal 19 Desember 1948. Dalam agresinya tersebut, Belanda berhasil menguasai Yogyakarta dan menangkap Presiden Soekarno dan Wakil Presiden Hatta. Dalam kondisi darurat ini, Dinas Telegrap sebagi salah satu Jawatan dalam Departemen Perhubungan berhasil menjalankan tugasnya yang sangat berdampak penting bagi kelangsungan tegaknya Indonesia saat itu. Dinas Telegrap berhasil mengirim berita terakhir ke Bukittinggi yang ditujukan kepada Mr. Sjafruddin Prawiranegara dari Presiden Soekarno yang isinya memberi wewenang untuk membentuk suatu pemerintahan darurat. Selanjutnya dibentuklah Kabinet Darurat dengan Mr. Sjafruddin Prawiranegara sebagai Perdana Menteri dan Ir. Indratjaja sebagai Menteri Perhubungan dan merangkap sebagai Menteri Kemakmuran. Sejak awal kemerdekaan hingga pengakuan kedaulatan Belanda atas RIS tahun 1949, Departemen Perhubungan memiliki wewenang untuk mengatur perhubungan laut, udara, darat, perkeretaapian serta pos, telegraf, dan telekomunikasi dan masing-masing sektor tersebut diurus oleh jawatan-jawatannya sendiri yang berada di bawah struktur organisasi Departemen Perhubungan.

Titik berat yang menjadi perhatian Departemen Perhubungan pada era 1945-1949 adalah perhubungan darat karena diantara beberapa sektor perhubungan lainya seperti laut maupun udara belum bisa menjadi sarana optimal. Angkatan laut masih terbatas jalur operasinya karena sebagian besar wilayah lautan Indonesia dikuasai oleh tentara sekutu, termasuk Belanda sehingga hubungan interinsuler ada dalam kekuasaan mereka. Perkeretaapian menjadi perhatian utama dalam mengelola perhubungan darat pada masa itu karena jaringan angkutan darat lainnya seperti bus, truk, mobil dapat dikatakan tidak ada karena semuaalat angkut bermotor masih dikuasai Jepang. Pembenahan perkeretaapian sebagai sarana darat utama saat itu bukanlah suatu hal yang mudah untuk dilakukan sebab tingkat kerusakan kereta api cukup signifikan. Pada masa Demokrasi Liberal ini terjadi perubahan bagi Departemen Perhubungan secara kelembagaan, yaitu dibentuknya Departemen Perhubungan Laut pada masa Kabinet Djuanda. Dengan adanya departemen tersebut, maka urusan laut yang sebelumnya menjadi tanggung jawab Departemen Perhubungan, kini menjadi terpisah dan ditangani secara mandiri oleh Departemen Perhubungan Laut. Dalam rangka menguasai pelayaran secara menyeluruh, diputuskan bahwa sudah tiba waktunya bagi pemerintah untuk mendirikan perusahaan pelayaran. Oleh karena itu pada tahun 1952, Ir. Djuanda selaku Menteri Perhubungan menetapkan berdirinya PT Pelayaran Nasional Indonesia (Pelni) yang mulai beroperasi dengan 16 buah kapal milik Perpuska dan 45 kapal yang baru dibeli.

Berdasarkan Keputusan Presiden RI No. 153 tanggal 10Juli 1959, Soekarno kemudian membentuk kabinet baru yang dikenal dengan sebutan Kabinet Kerja I. Dalam Kabinet Kerja I ini terjadi perubahan dalam struktur pemerintahan negara. Istilah Departemen Perhubungan tidak lagi digunakan dan sebagai gantinya dikenal dengan sebutan Kementrian Distribusi dengan J. Leimena menjabat sebagai Menterinya. Perubahan yang cukup signifikan bagi Departemen Perhubungan terjadi pada masa pemerintahan Demokrasi Terpimpin ini. Pada era ini, urusan perhubungan laut, udara, dan darat serta komunikasi tidak lagi berada secara keseluruhan di bawah wewenang Departemen Perhubungan, tetapi terpecah-pecah ke dalam beberapa Departemen yang baru terbentuk pada era tersebut. Nama Departemen Perhubungan dalam Kabinet Kerja I tidak lagi ada tetapi diganti dengan istilah Bidang Distribusi yang menangani perhubungan laut, perhubungan darat, pos, dan telekomunikasi, perhubungan udara serta perdagangan. Sedangkan pada Kabinet Kerja II, urusan perhubungan berada di bawah bidang Distribusi yang terdiri dari Departemen Perhubungan Darat, Pos dan Telekomunikasi, Departemen Perhubungan Laut, Departemen Perhubungan Udara, dan Departemen Perdagangan. Dalam Kabinet Kerja IV, istilah Bidang Distribusi diganti dengan Kompartemen Distribusi yang antara lain terdiri dari Departemen Perhubungan Darat, Pos dan Telekomunikasi, Departemen Perhubungan Laut dan Departemen Perhubungan Udara. Sedangkan pada masa Kabinet Dwikora, perhubungan laut tidak lagi masuk dalam Kompartemen Distribusi tetapi dibentuk kompartemen sendiri yaitu Kompartemen Maritim yang meliputi Departemen Perhubungan Laut, Departemen Perikanan dan Pengolahan Produksi Hasil Laut, serta Departemen Industri Maritim. Perubahan terjadi lagi dalam Kabinet Dwikora yang Disempurnakan I, yaitu terpisahnya urusan pos dan telekomunikasi dengan perhubungan darat. Dalma kabinet ini dibentuk Departemen baru yaitu Departemen Pos dan Telekomunikasi dibawah Kompartemen Distribusi. Selanjutnya dalam susunan Kabinet Dwikora yang disempurnakan II kembali terjadi lagi perubahan. Urusan-urusan perhubungan yang sebelumnya didistribusikan dalam beberapa departemen, kini disatukan kembali dalam Departemen Perhubungan. Dalam masa awal Orde Baru Struktur Organisasi Departemen Perhubungan dalam Kabinet Pembangunan I, II, dan III adalah meliputi Menteri Perhubungan, Sekertaris Jenderal Departemen Perhubungan, Inspektorat Jenderal Departemen Perhubungan, Direktorat Jenderal Perhubungan Laut dan Direktorat Pariwisata Pos dan Telekomunikasi. Lembaga Metereologi dan Geofisika berada di bawah Direktorat Perhubungan Udara sampai dengan tahun 1972 karena pada tahun 1973 dipindahkan dari Direktorat Perhubungan Udara ke departemen Perhubungan. Penataan demi penataan yang dilakukan dalam Departemen Perhubungan dengan menyesuaikan struktur dan citranya, sehingga menjadi lebih baik dan bermanfaat bagi bangsa dan negara. Konsolidasi yang dilakukan sejak tahun 1945 hingga sekarang menghasilkan sebuah Departemen yang besar.