DAFTAR ISIAN PENGGUNAAN ANGGARAN (DIPA) TAHUN ANGGARAN 2009 (PAGU DEFINITIF)
| 1. | SEKRETARIAT JENDERAL (Gabungan Biro dan Pusat) | Lihat Detail |
| Biro Perencanaan | Lihat Detail | |
| Biro Kepegawaian dan Organisasi | Lihat Detail | |
| Biro Keuangan | Lihat Detail | |
| Biro Umum | Lihat Detail | |
| Biro Hukum dan Kerjasama Luar Negeri | Lihat Detail | |
| Pusat Data dan Informasi | Lihat Detail | |
| Pusat Kajian Kemitraan dan Pelayanan Jasa Transportasi | Lihat Detail | |
| Pusat Komunikasi Publik | Lihat Detail | |
| Mahkamah Pelayaran | Lihat Detail | |
| Komite Nasional Keselamatan Transportasi | Lihat Detail | |
| 2. | INSPEKTORAT JENDERAL | Lihat Detail |
| 3. | DIREKTORAT JENDERAL PERHUBUNGAN DARAT | Lihat Detail |
| 4. | DIREKTORAT JENDERAL PERHUBUNGAN LAUT | Lihat Detail |
| 5. | DIREKTORAT JENDERAL PERHUBUNGAN UDARA | Lihat Detail |
| 6. | DIREKTORAT JENDERAL PERKERETAAPIAN | Lihat Detail |
| 7. | BADAN SAR NASIONAL | Lihat Detail |
| 8. | BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN | Lihat Detail |
| 9. | BADAN PENDIDIKAN DAN PELATIHAN | Lihat Detail |