Pertimbangan lain pemindahan lokasi pembangunan pelabuhan baru peti kemas tersebut adalah terutama dari aspek keselamatan bahwa dermaga dan lapangan penumpukan pelabuhan Samarinda lama didesain tidak untuk kegiatan bongkar/muat petikemas, sehingga sangat berpotensi terjadinya kerusakan fasilitas utama dan kecelakaan operasional. Selain itu, dengan dibangunnya Jembatan Mahkota II yang terletak di sebelah hilir pelabuhan Samarinda, serta sesuai hasil studi Konsultan JICA tahun 2001 mengindikasikan pembangunan pelabuhan di lokasi baru dengan alternatif pertama di Samarinda Seberang.

Pemerintah menyambut baik pola kerja sama pembangunan dan pengoperasian tersebut dan ke depan dibuka peluang partisipasi swasta yang lebih luas dalam pembangunan dan penyelenggaraan pelabuhan umum. Kebutuhan dan rencana induk pelabuhan di beberapa lokasi pelabuhan di wilayah Indonesia Timur antara lain:

1. Provinsi Sulawesi Selatan: Bulukumba, Selayar, Pare-Pare dan Palopo;
2. Provinsi Sulawesi Barat: Belang-Belang,Tanjung Silopo, dan Polewali;
3. Provinsi Sulawesi Tengah: Wani, Kolonadale, Toli-Toli, dan Tongkiang;
4. Provinsi Sulawesi Tenggara: Bau-Bau;
5. Provinsi Gorontalo: Gorontalo;
6. Provinsi Maluku: Tulehu;
7. Provinsi Papua dan Irian Jaya Barat: Sorong, Nabire, Manokwari, Biak, Fak-Fak, dan Merauke.

Khusus di Provinsi Kalimantan Timur, pemerintah juga telah memprogramkan pembangunan fasilitas pelabuhan di beberapa lokasi antara lain: Tarakan, Nunukan, Sungai Nyamuk di wilayah perbatasan yang berfungsi juga bagi keamanan dan pertahanan negara. Untuk Pelabuhan Samarinda, sesuai studi JICA, mengingat lokasi Pelabuhan Samarinda mempunyai keterbatasan daya dukung lahan dan perairan, maka pengembangannya di arahkan ke Palaran di Samarinda Seberang. Sedangkan untuk Pelabuhan Balikpapan pengembangannya direncanakan di lokasi Kariangau berjarak lebih kurang 50 km dari Pelabuhan Balikpapan. (NS)